Trường hợp sử dụng

PapersFlow cho Hóa học, Khám phá thuốc & Sinh học cấu trúc

Một nền tảng nghiên cứu hợp nhất với quyền truy cập trực tiếp vào ChEMBL (2.5M+ hợp chất, 13M+ bản ghi hoạt tính sinh học), các thuộc tính hợp chất của PubChem, ZINC (230M+ hợp chất có thể mua), cấu trúc protein PDB và UniProt (250M+ mục protein). Tìm kiếm cơ sở dữ liệu, truy xuất dữ liệu hoạt tính sinh học và cấu trúc, đồng thời trực quan hóa phân tử dưới dạng hiển thị SMILES 2D tương tác — tất cả trong một phiên nghiên cứu được hỗ trợ bởi AI cùng với tài liệu khoa học.

Truy vấn hoạt tính sinh học ChEMBL, thuộc tính PubChem, các hợp chất có thể mua trên ZINC, cấu trúc protein PDB và chú giải protein UniProt — kèm trực quan hóa phân tử SMILES 2D nội tuyến — tất cả từ một trợ lý nghiên cứu AI.

Nghiên cứu hóa học và khám phá thuốc đòi hỏi phải liên tục chuyển đổi ngữ cảnh giữa các cơ sở dữ liệu tách biệt. Bạn tìm ChEMBL để lấy dữ liệu hoạt tính sinh học trong một tab, kiểm tra PubChem để xem thuộc tính hợp chất ở tab khác, duyệt ZINC để tìm các chất tương tự có thể mua, tra PDB để xem cấu trúc protein-ligand, và đối chiếu UniProt để lấy chú giải protein — trong khi vẫn phải theo dõi tài liệu gốc ở một cửa sổ khác. Mỗi cơ sở dữ liệu có cú pháp truy vấn riêng, định dạng đầu ra riêng và không có kết nối với các bài báo bạn đang đọc. PapersFlow loại bỏ sự phân mảnh này bằng cách tích hợp cả năm cơ sở dữ liệu vào một giao diện hội thoại duy nhất cùng với 474M+ bài báo khoa học, để bạn có thể chuyển từ tìm tài liệu sang tra cứu hợp chất rồi đến phân tích cấu trúc mà không cần đổi công cụ.

Bạn có thể làm gì

  • Cơ sở dữ liệu khám phá thuốc ChEMBL
  • Thuộc tính hợp chất PubChem
  • Cơ sở dữ liệu ZINC (230M+ hợp chất)
  • Cấu trúc protein PDB

Công cụ

So sánh

Frequently Asked Questions

ChEMBL, PubChem và ZINC khác nhau như thế nào?
Mỗi cơ sở dữ liệu phục vụ một mục đích khác nhau. ChEMBL chứa dữ liệu hoạt tính sinh học đã được tuyển chọn — các giá trị IC50, EC50, Ki, Kd từ các phép thử đã công bố — nên đây là nguồn tài nguyên hàng đầu để hiểu cách các hợp chất tương tác với mục tiêu sinh học. PubChem cung cấp các thuộc tính lý hóa của hợp chất như khối lượng phân tử, LogP, TPSA và số lượng liên kết hydro, hữu ích để đánh giá tính giống thuốc và đặc tính ADMET. ZINC lập danh mục 230M+ hợp chất có sẵn trên thị trường cùng thông tin nhà cung cấp và khả năng mua, khiến nó trở nên thiết yếu để tìm các chất tương tự có thể mua của các hợp chất trúng đích. PapersFlow cho phép bạn truy vấn cả ba trong cùng một phiên nghiên cứu.
Tôi có thể tìm kiếm theo ký hiệu SMILES không?
Có. Tích hợp cơ sở dữ liệu ZINC hỗ trợ tìm kiếm độ tương đồng SMILES bằng khoảng cách Tanimoto, vì vậy bạn có thể dán một chuỗi SMILES và tìm các hợp chất có thể mua có cấu trúc tương tự. Ngoài ra, tất cả kết quả hợp chất từ ChEMBL, PubChem, ZINC và truy vấn ligand PDB có bao gồm dữ liệu SMILES đều được tự động hiển thị dưới dạng sơ đồ phân tử 2D tương tác với màu sắc theo từng nguyên tố, để bạn có thể kiểm tra trực quan cấu trúc mà không cần rời khỏi cuộc hội thoại.
Nó có bao gồm dữ liệu cấu trúc protein không?
Có. PapersFlow tích hợp cả PDB và UniProt. Tích hợp PDB cho phép bạn tìm kiếm cấu trúc protein theo văn bản hoặc trình tự và truy xuất siêu dữ liệu như độ phân giải, phương pháp thực nghiệm, số lượng nguyên tử và chi tiết ligand gắn kết bao gồm ligand SMILES, InChI và công thức phân tử. UniProt cung cấp trình tự protein, chú giải miền chức năng, các biến đổi sau dịch mã và ánh xạ ID giữa các cơ sở dữ liệu. Lưu ý rằng PapersFlow trả về siêu dữ liệu cấu trúc và thông tin ligand — đây không phải là trình xem phân tử 3D, nhưng nó kết nối trực tiếp dữ liệu cấu trúc với nghiên cứu tài liệu của bạn.
Nó có hỗ trợ định dạng trích dẫn ACS không?
Có. Các đầu ra về hóa học mặc định sử dụng kiểu trích dẫn ACS với tài liệu tham khảo được đánh số ở dạng chỉ số trên. Bạn có thể xuất danh sách tài liệu tham khảo đã định dạng, tệp .bib và toàn bộ bản thảo được định kiểu cho JACS, ACS Nano, Chemistry of Materials và các ấn phẩm ACS khác.