화학, 신약 발굴 및 구조생물학을 위한 PapersFlow
ChEMBL(250만+ 화합물, 1,300만+ 생물활성 기록), PubChem 화합물 물성, ZINC(구매 가능한 2억 3천만+ 화합물), PDB 단백질 구조, UniProt(2억 5천만+ 단백질 엔트리)에 직접 접근할 수 있는 통합 연구 플랫폼입니다. 데이터베이스를 검색하고, 생물활성 및 구조 데이터를 가져오며, 분자를 상호작용형 2D SMILES 렌더링으로 시각화할 수 있습니다. 이 모든 작업을 과학 문헌과 함께 하나의 AI 기반 연구 세션 안에서 수행할 수 있습니다.
ChEMBL 생물활성, PubChem 물성, ZINC 구매 가능 화합물, PDB 단백질 구조, UniProt 단백질 주석을 조회하고, 인라인 2D SMILES 분자 시각화까지 하나의 AI 연구 도우미에서 모두 처리할 수 있습니다.
화학 및 신약 발굴 연구는 분리된 데이터베이스들 사이를 끊임없이 오가야 합니다. 한 탭에서는 ChEMBL에서 생물활성 데이터를 검색하고, 다른 탭에서는 PubChem에서 화합물 물성을 확인하며, ZINC에서 구매 가능한 유사체를 찾고, PDB에서 단백질-리간드 구조를 조회하고, UniProt에서 단백질 주석을 교차 확인해야 합니다. 동시에 또 다른 창에서는 원문 문헌도 추적해야 합니다. 각 데이터베이스는 고유한 질의 문법과 출력 형식을 가지며, 읽고 있는 논문과도 연결되어 있지 않습니다. PapersFlow는 이 단절을 해소하기 위해 4억 7,400만+ 과학 논문과 함께 다섯 개 데이터베이스를 하나의 대화형 인터페이스에 통합하여, 문헌 탐색에서 화합물 조회, 구조 분석까지 도구를 전환하지 않고 이어서 진행할 수 있게 합니다.
할 수 있는 일
- ChEMBL 신약 발굴 데이터베이스
- PubChem 화합물 물성
- ZINC 데이터베이스(2억 3천만+ 화합물)
- PDB 단백질 구조
도구
비교
Frequently Asked Questions
- ChEMBL, PubChem, ZINC의 차이점은 무엇인가요?
- 각 데이터베이스는 서로 다른 목적을 가집니다. ChEMBL은 발표된 분석 결과에서 얻은 IC50, EC50, Ki, Kd 값과 같은 큐레이션된 생물활성 데이터를 포함하므로, 화합물이 생물학적 표적과 어떻게 상호작용하는지 이해하는 데 가장 적합한 리소스입니다. PubChem은 분자량, LogP, TPSA, 수소 결합 수와 같은 물리화학적 화합물 물성을 제공하여 약물 유사성 및 ADMET 특성을 평가하는 데 유용합니다. ZINC는 공급업체 및 구매 가능성 정보와 함께 2억 3천만+ 상업적 이용 가능 화합물을 카탈로그화하여, 히트 화합물의 구매 가능한 유사체를 찾는 데 필수적입니다. PapersFlow를 사용하면 동일한 연구 세션에서 이 세 가지를 모두 질의할 수 있습니다.
- SMILES 표기법으로 검색할 수 있나요?
- 네. ZINC 데이터베이스 통합은 Tanimoto 거리를 사용하는 SMILES 유사도 검색을 지원하므로, SMILES 문자열을 붙여넣어 구조적으로 유사한 구매 가능 화합물을 찾을 수 있습니다. 또한 SMILES 데이터를 포함하는 ChEMBL, PubChem, ZINC 및 PDB 리간드 질의의 모든 화합물 결과는 원소별 색상이 적용된 상호작용형 2D 분자 다이어그램으로 자동 렌더링되므로, 대화를 벗어나지 않고도 구조를 시각적으로 검토할 수 있습니다.
- 단백질 구조 데이터도 포함되나요?
- 네. PapersFlow는 PDB와 UniProt를 모두 통합합니다. PDB 통합을 통해 텍스트 또는 서열로 단백질 구조를 검색하고, 해상도, 실험 방법, 원자 수, 그리고 리간드 SMILES, InChI, 분자식을 포함한 결합 리간드 세부 정보와 같은 메타데이터를 가져올 수 있습니다. UniProt는 단백질 서열, 기능 도메인 주석, 번역 후 변형, 데이터베이스 간 ID 매핑을 제공합니다. PapersFlow는 구조 메타데이터와 리간드 정보를 반환하며, 3D 분자 뷰어는 아니라는 점에 유의하세요. 대신 구조 데이터를 문헌 연구와 직접 연결해 줍니다.
- ACS 인용 형식을 지원하나요?
- 네. 화학 관련 출력은 기본적으로 위첨자 번호 참조를 사용하는 ACS 인용 스타일을 따릅니다. 형식이 지정된 참고문헌 목록, .bib 파일, 그리고 JACS, ACS Nano, Chemistry of Materials 및 기타 ACS 출판물 스타일의 완성된 원고를 내보낼 수 있습니다.